特色小鎮的運營不管是政府主導還是企業主導，一定要基于市場化運作機制。我國目前缺少專業化的特色小鎮運營機構，浙江的夢想小鎮、云棲小鎮等都是通過政府下派的管委會來統一管理。但是政府在這一過程中，實現了充分的放權，以“服務者”自居，充分調動企業的積極性，不干涉市場行為。
1、立足于降低營商成本。
小鎮內部要為其市場主體與創業企業提供低成本空間，構建出一個降低營商成本的實體經濟發展引擎。在降低勞動力、公共服務、消費、信息獲取、管理等成本基礎上實現要素的聚集。因此不能房地產化,房地產化之后會拉高多方面的成本。
尤其是在房屋租金高漲形勢下，對其他各種特色產業只會形成擠出效應，而不會實現聚集效果，特色產業也將難以實現發展。要深化投資便利化、商事仲裁、負面清單管理等改革創新，打造有利于創新創業的營商環境。
2、立足于營造創新開放的人文環境。
特色小鎮應是多維度生態系統，要在不斷地對外交流與推進拓展中，實現自我的升級更新。這一生態系統的主體——創業者和企業家可以通過企業沙龍等方式，不斷地進行理念溝通、管理溝通、經營溝通，從而達到“產業社區”內的思想互通與業務暢通。
特色小鎮不僅要在硬環境上滿足進駐企業及其職業人群的多元需求，而且要在軟環境上營造創新創業、奮發奮進的良好氛圍。因此要避免走“產業園區模式”的老路，產業園區從運作到管理大多都是封閉的，在這一點上就很難實現。此外，特色小鎮內還可以通過“技術”與“藝術”、“生產”與“娛樂”跨界的方式，創造各種用戶與產品的互動體驗機會，激發各類創新的火花。
3、立足于長遠可持續發展。
特色小鎮的成功運營，應在生態、產業、社會、空間等方面進行可持續開發的探索。針對盲目審批、粗放生產、低效競爭、監管缺位等運營環節出現的種種弊端，必須同時依靠政府與市場“兩只手”的作用。充分發揮政府“有形的手”的調控作用，加強對小鎮內企業的市場監管和社會管理，開展生態建設和環境保護，引導小鎮建設、企業發展走上科學化、規范化、生態化的道路。
積極發揮市場調節“無形的手”的作用，讓特色小鎮內、外企業開展良性的自由競爭。若想借助“政府之手”享有扶持政策和收益，同時不被“市場的手”無情推開，就要做好規劃運營、招商和管理的各個環節工作，并要知悉四大關鍵問題：政府鼓勵哪些產業，相關行業的政策落實有哪些;產業的市場前景如何，是否存在產能過剩風險;本地主導產業的發展條件與基礎是什么，競爭對手是哪些;如何與當地政府或管委會達成合作關系。
此外，在業態管控方面，融入“三生融合”理念，合理布局生產、生活、生態空間，以人為核心，區分各種工作性質與工作氛圍，踐行綠色發展理念，樹立小鎮形象品牌。
