縱觀此次萬科商戰始末，萬科管理層和華潤、寶能等股東方之間的矛盾焦點，一直沒有離開對于萬科控制權本身的爭奪，而對“內部人控制”的強烈質疑，也讓這家曾被貼上優秀公司治理文化標簽的企業直接卷入輿論浪尖。
6月23日，寶能系發布公告明確提出反對重組預案，并質疑萬科已淪為“內部人控制公司”；同日華潤集團聲明稱，高度關注萬科存在的內部人控制等公司治理問題。6月26日，在提請罷免萬科董事會監事會成員的公告中，寶能系再度指出，從2008年宣布無實際控制人開始，萬科已經偏離上市公司規范運作要求，管理層控制董事會、監事會，越過公司股東大會自行其事；且萬科事業合伙人制度具體內容、管理層能夠獲得報酬及依據也未向公眾披露。6月27日的股東大會上，有小股東也就管理層薪酬、任意盈余公積金提取以及停牌情況拋出問題，其關注點也和此前“內部人控制”問題相似。
面對股東方質疑，來自萬科內部的一封郵件表明，公司并不同意“內部人控制”之爭的說法，并強調稱，“所有權和經營權分離，是現代企業的最基本特征。毫無疑問，股東是企業的所有者，管理團隊和股東爭奪公司所有權是荒謬的”。股東大會當日，萬科董事會主席王石和監事會主席解凍也分別就高層薪酬的合理性給出理由。
不過，諸多市場分析認為，在股權分散的治理架構之中，萬科是否可被定性為“內部人控制”，尚需商榷。一位跨境投資顧問公司合伙人認為，“內部人控制”指控是否屬實，需要界定兩大層面內容：一是創業者對企業運營存在深度影響，和普通接受聘任的職業經理人團隊并不相同；二是管理層是否在架空大股東行為之中獲取不正當利益。若不存在這樣的利益轉移，則不符合“內部人控制”的定義，僅能理解為股東方與管理層之間的董事會權爭。
法律專家表示，股權分散的公司架構本身就存在控制權不穩定狀況。公司的實際控制權掌握和所有權結構、投票權結構安排息息相關，但若股東增持或外來資本收購侵入原有的股權架構，則控制權爭奪就會出現，原有管理層的實際控制權就會落空。這也正是寶能舉牌后萬科管理層所遭遇的狀況。
過去幾年，從云南白藥到上海家化，從綠城集團到雷士照明，控制權爭奪正在成為A股上市公司常態。管理層與股東方之間的控制權爭奪，創始人在利益各方激烈角逐之后黯然出走的情況，在現代商戰中并不少見。所有權和經營權分離，已然是現代企業的基礎，財務投資的興起、職業經理人角色重塑折射的也是商業文化不斷變遷的過程。過分渲染商戰背后的悲劇性，其實并不理性，也不符合資本市場游戲規則。
